Il Museo, nato dalla collaborazione tra le università di Lecce e Napoli, ha come scopo quello di raccontare le più aggiornate ricerche nel campo dell'archeologia, dalla Preistoria al Medioevo, su un territorio molto vasto, che inizia dal Salento e si estende a tutto l'Oriente mediterraneo. I visitatori potranno venire a conoscenza dei sofisticati metodi della ricerca scientifica applicata allo studio delle civiltà antiche. Nelle cinque sale espositive, particolare attenzione è rivolta alla presentazione dei dati relativi all'archeologia dei Messapi, ai moderni risultati emersi dagli studi archeologici subacquei e infine alla documentazione grafica e multimediale della Missione archeologica italiana a Hierapolis, in Turchia.