La villa gode di una superba vista panoramica sulla città, e fu radicalmente trasformata dal Granduca Ferdinando I a partire dal 1588. A questi anni risalgono le tre terrazze sovrapposte antistanti la villa, un ricordo di quelli realizzati per Villa Medici al Pincio (Roma) dove aveva trascorso i suoi anni di cardinalato. L’edificio ebbe soprattutto un ruolo di residenza e non di rappresentanza, il  che spiega l’assenza di statue ornamentali e di piante decorative, sostituite da alberi di utilità, soprattutto agrumi. Nel Seicento il cortile fu affrescato dal Volterrano con il bel ciclo pittorico dei Fasti Medicei, secondo per importanza solo a quello di Poggio a Caiano. All’interno è la Venere del Giambologna che un tempo ornava una fontana nel giardino.