L’istituzione, cui il museo appartiene, è tra i più importanti organismi internazionali nel campo del restauro e della lavorazione delle pietre dure (mosaici, commessi marmorei ecc.) e trae origine dall’iniziativa di Ferdinando I di disciplinare l’attività delle varie maestranze attive in questo settore, in vista della decorazione della Cappella dei Principi. Fondata nel 1588, ebbe sede negli Uffizi e fu trasferita solo nel 1796 nell’attuale edificio. La raccolta, riordinata nel 1995, è allestita in sezioni tematiche dedicate alle produzioni granducali, lorenesi, postunitarie e alle tecniche di lavorazione.