È ospitato negli ambienti dell’antico convento domenicano. Oltre al Chiostro Verde di Paolo Uccello e al celebre Cappellone degli Spagnoli, si segnala il Chiostro Grande, il più ampio della città, affrescato nel tardo Cinquecento con Storie di Cristo e di santi domenicani; il Refettorio, decorato da Allori con i Miracoli dell’Esodo, accoglie sinopie di Paolo Uccello e affreschi staccati; la Cappella degli Ubriachi. Questi ultimi due ambienti accolgono un’esposizione permanente di preziose oreficerie, paramenti liturgici, arredi sacri e dipinti appartenenti all’antico Tesoro della chiesa.