Fu istituito nel 1909 per documentare la Firenze scomparsa, dall’epoca romana agli sventramenti effettuati nel periodo del Risanamento e coincidenti, in parte, con gli anni di Firenze capitale (1865-71). Ospitato prima in Casa Buonarroti e poi nel convento di San Marco, nel 1955 fu trasferito nella sede attuale pertinente all’ex convento delle Oblate. Conserva una raccolta cartografica unica nel suo genere, le acqueforti di Valerio Spada e di Giovanni Maggi, le raffigurazioni dei principali monumenti di Giuseppe Zocchi che documentano, tutte, edifici non più esistenti (come il Ghetto e il Mercato vecchio); la sezione archeologica comprende materiale proveniente dalle demolizioni dell’Ottocento.