L'edificio, situato nel luogo dove la tradizione narra che fu tenuto prigioniero Sant'Alessandro, inizia ad essere costruito nel 1601 su progetto del barnabita Lorenzo Binago, cui si affianca come perito il Ricchino. La Chiesa viene eretta per conto di un attiguo collegio. La scelta della pianta centrale, coperta da cupola, con un secondo corpo minore che funge da presbiterio, la si può considerare una delle ultime sperimentazioni su questo tipo di planimetria. La facciata ricurva, affiancata da due campanili e decorata da bassorilievi, viene terminata solo nel XVIII sec.