La pala, realizzata secondo un gusto volutamente arcaizzante, che guardava alla tradizione lombarda prima dell'arrivo di Leonardo da Vinci, venne realizzata alla fine della carriera del maestro, probabilmente su precise indicazioni della committenza. Si tratta di uno dei capolavori dell'artista, dove la complessa macchina da altare abbaglia nella profusione di ori, vesti e decorazioni preziose, colori sgargianti.Il polittico è organizzato su due registri principali più predella. Lo scomparto centrale mostra una Madonna in trono col Bambino tra angeli musicanti (185,5x98,5 cm), sormontata da un San Francesco che riceve le stimmate (144x96,50) e un Salvatore benedicente nella cimasa (42x41 cm). Gli scomparti laterali mostrano otto santi, organizzati a gruppi di due su due registri, all'interno di spazi quali una stanza dalle pareti decorate (registro superiore) e un loggiato aperto sul paesaggio (registro inferiore). Da sinistra a destra, dall'alto in basso si incontrano i santi Chiara e Bonaventura (140x98,2 cm), Ludovico da Tolosa e Bernardino da Siena (139x98 cm), Girolamo e Alessandro (150,5x96 cm) e Vincenzo e Antonio (151x96 cm).La predella è composta da tre riquadri con doppie e triple scene, di 42x97 cm ciascuno: Annunciazione, Visitazione, Due angeli, Natività e Fuga in Egitto. Soprattutto nella predella si espriem tutta la grazia e l'attenzione al dato umano tipica dell'artista. nella Fuga in Egitto ad esempio i gesti e gli sguardi pacati di Giuseppe, Maria e dell'angelo sembrano tutti rivolti al neonato affinché non soffra le fatiche del viaggio.Le indicazioni prospettiche sono del tutto generiche e poco interessate a una osservanza geometrica, tanto che non vi è differenza tra gli scorci negli sfondi nel registro superiore e inferiore.