Annalisa Zanni, laureata presso l'Università Statale di Milano in Storia dell'Arte Medievale e Moderna, ha conseguito poi a Firenze il Perfezionamento in Storia dell'Arte Medievale e Moderna.
Lavora da più di trent’anni al Museo Poldi Pezzoli di Milano. Nominata nel 1982 conservatore, è stata responsabile della didattica, della conservazione, delle ricerche e dei restauri delle collezioni. Ha lavorato all’organizzazione e alla promozione presso il pubblico di tutte le mostre che si sono tenute nel Museo a partire dal 1979; dal 1992 ha inoltre partecipato agli studi e alla realizzazione dei nuovi allestimenti del Museo.
Dall'anno accademico 1993-1994 tiene un Corso di Storia dell'oreficeria presso la Scuola di Specializzazione in Storia dell'Arte dell'Università Cattolica del Sacro Cuore di Milano.
Da ottobre 1999 è diventata, a seguito di concorso pubblico, direttore del Museo, dopo esserne stata per un anno direttore reggente.
Nel mese di giugno 2000 ha inaugurato la nuova Sala d’Armi realizzata dallo scultore Arnaldo Pomodoro: un intervento museografico di grande novità, che affida la lettura del passato ad un artista contemporaneo. Tra gli allestimenti museografici realizzati recentemente, si ricorda la nuova Sala degli Ori, che ospita oltre duecento oggetti di oreficeria, e la trasformazione della Seconda Sala Trivulzio, dal 1968 Sala dei bronzetti, in Sala del collezionista, destinata a ospitare una serie di esposizioni temporanee curate dal Museo, dedicate al tema del collezionismo.
Negli ultimi anni, sotto la direzione di Annalisa Zanni, il Museo Poldi Pezzoli ha realizzato importanti mostre che seguono due precisi filoni:la valorizzazione delle collezioni e delle donazioni che giungono al Museo e lo studio e la ricerca intorno al collezionismo privato lombardo e italiano.
Tra i restauri da lei diretti, volti a mantenere la storia delle collezioni e del gusto attraverso la conservazione, ove possibile, degli interventi ottocenteschi, in particolare il recupero delle decorazioni dello studiolo dantesco, un intervento definito dalla stampa e dagli addetti ai lavori “un modello esemplare per le scelte operate”.