Straordinario il contesto architettonico che ospita il museo: l’ex-convento del Monastero Maggiore di San Maurizio, fondato nell’VIII secolo d.C. Al piano terra si trovano le sezioni dedicate a Milano Antica e all’Altomedioevo. Al piano interrato l’esposizione relativa alla storia di Milano continua in una sala dedicata al tema dell’abitare; accanto sono le sezioni di Cesarea Marittima, dell'arte Etrusca e del Gandhara. Nella cripta della chiesa è presente la sezione greca. 
Il percorso di visita continua nel chiostro interno (“la società milanese attraverso le epigrafi") dove è visitabile la torre poligonale (fine III secolo) con affreschi altomedioevali (XIII Secolo).