La tradizione vuole che la chiesa sia stata edificata nel V secolo sulla casa della martire Cecilia, uccisa al tempo di Marco Aurelio, intorno al 220. Ricostruita totalmente da papa Pasquale I, tra XII e XIII secolo fu dotata di portico, campanile, convento e chiostro. Fu in parte trasformata dai restauri successivi, soprattutto da quello del cardinale Francesco Acquaviva nel ‘700, che chiamò Ferdinando Fuga al quale si deve il monumentale prospetto sulla piazza