Al di sopra della Confessione, sollevato da 7 gradini in marmo greco imetto, si eleva l'Altare papale, edificato in continuità verticale con i precedenti altari di Gregorio Magno e Callisto II, non al centro della cupola ma spostato verso l'abside. Rivolto verso oriente (est), incontro al sole nascente come era d'uso nelle basiliche paleocristiane, questo altare è riservato unicamente al Sommo Pontefice o a persona da lui delegata. Fu voluto da Clemente VIII Aldobrandini nel 1594 per completare con una mensa stabile la parte già ultimata della nuova basilica. Prima della attuale sistemazione berniniana, nel 1606 Paolo V Borghese aveva fatto collocare al di sopra dell'altare un baldacchino in legno del tipo processionale, alto 9 metri, sostenuto da quattro angeli, opera di Ambrogio Buonvicino e Camillo Mariani. Si trattava di una soluzione modesta, di aspetto provvisorio e certamente non intonata alla grandiosità della basilica. Sin dalla sua elezione, nel 1623, il problema fu avvertito da papa Urbano VIII Barberini il quale, già il 12 luglio dell'anno successivo, incaricò Bernini di ideare un prestigioso ciborio, non lesinando mezzi perché l'opera riuscisse degna del luogo e della sua funzione.