Il chiostro, realizzato dai Cosmati nel corso del XIII secolo, venne restaurato nel 1913 da Antonio Muñoz che tra l’altro vi sistemò la fontana creata con elementi già impiegati per una fontana nel giardino del monastero.
L’oratorio di santa Barbara sorse nel IX secolo nella navata sinistra della chiesa, ma dopo la riduzione del complesso nel XII secolo è stato completamente decontestualizzato: oggi vi si accede dal chiostro e presenta tracce di affreschi di IX e XIV secolo