Una chiesa conventuale dell'ordine francescano esisteva in questo luogo già prima del 1608, anno in cui iniziò la ristrutturazione dell'edificio. Le forme attuali si devono però al progetto di Bernardo Antonio Vittone (1761), mentre la facciata è opera di Mario Ludovico Quarini. Molte delle cappelle interne ebbero il patronato di varie corporazioni: ne sono un esempio quella dell'Università dei Luganesi (scalpellini e stuccatori), di Sant’Omobono (sarti) e dei SS. Cosma e Damiano (speziali).