La collezione permanente del museo è frutto delle straordinarie donazioni degli eredi Picasso. Christine Ruiz Picasso ha donato al museo di Malaga 133 opere, tra cui 14 dipinti ad olio, 9 sculture, 58 incisioni, 12 ceramiche e decine di disegni. Bernardo ha donato 22 pezzi: 5 dipinti a olio, 2 disegni, 10 incisioni e 5 ceramiche. Si aggiungono i 49 pezzi prestati in regime di cessione gratuita, rinnovabile al decimo anno: 23 olii, 2 sculture, 7 disegni, 5 incisioni e 12 ceramiche. Sono inoltre presenti le 87 opere dell'attuale mostra temporanea "El Picasso de los Picassos" (ottobre 2003 - febbraio 2004) e le 40 opere prestate per un anno dalla Fondazione Almine. La collezione permanente è ospitata in 12 sale. Due gallerie sono dedicate alle opere su carta, un'intera sala a sculture e ceramiche. Le opere sono ordinate secondo criteri cronologici ed emozionali. L'itinerario della mostra ripercorre tutte le tappe salienti dell'evoluzione artistica di Picasso, come il periodo "azzurro", testimoniato da "La Celestina" (1903), per la prima volta esposta in Spagna. L'altro motivo conduttore della mostra è la passione per le donne, muse ispiratrici della lunga vita del maestro: Olga Khoklova, Dora Maar, Françoise Gilot, la suicida Jacqueline Roque, cui l'artista dedicò un "diario" di 204 pezzi di inestimabile valore, e altre. L'opera più antica presente al museo è "Mujer con mantilla", del 1894, la più recente "Hombre, mujer y niño", del 1972. Tra i pezzi più significativi si ricordano l'olio di ispirazione realista "Olga Kokhlova con mantilla", ritratto della terza moglie dell'artista (1917), "Jaqueline sentada" (1954), altro olio, nel quale è immortalata, con la celebre tecnica cubista, la futura quarta sposa del maestro, "Retrato de Paulo con gorro blanco", "Los ojos del artista", "Bañista" (1971), dipinto nella francese Mougins, dove l'autore morì. In seguito all'attuale esposizione temporanea "El Picasso de los Picassos", per l'autunno 2004 è prevista la mostra "Picasso, La Sagrada Familia", in occasione della quale la collezione sarà integrata dal contributo di Claude Picasso, figlio dell'artista e di François Gilot, e fratello di Paloma. Seguiranno un'esposizione sull'interesse di Picasso per le corride, e nel 2005 una mostra nuovamente dedicata alla famiglia, e incentrata sulla relazione con Olga Kokhlova. Due esposizioni hanno preceduto, a Malaga, l'attuale mostra, riscontrando una caloroso successo di pubblico: nel 1992 "Picasso clásico", e nel 1994-1995 "Picasso. Primera mirada. Colección Christine Ruiz Picasso". Entrambe le manifestazioni sono state coordinate da Carmen Giménez, figura di spicco internazionale per l'arte del XX secolo, e attuale direttrice del nuovo museo.