Con la stessa sapienza progettò un cortile circolare a due piani decorato con affreschi a pergole e soprattutto fece costruire due ponti che collegavano il palazzo al vasto giardino all’italiana disegnato alle sue spalle. Nel giardino vennero creati numerosi giochi d’acqua: fontane, grotte, ninfei scandivano, e scandiscono ancor oggi, il percorso disegnato fra aiuole e siepi. Anche negli ambienti interni il Vignola riuscì a proporre una grande varietà di soluzioni, fra le quali una menzione speciale si deve fare per l’originale scala elicoidale che conduce al piano nobile del palazzo. E proprio all’interno delle stanze del piano nobile si trovano i meravigliosi cicli ad affresco, i cui soggetti vennero elaborati dallo stesso Alessandro Farnese, il quale si fece affiancare per questa impresa da numerosi consiglieri, tra cui Annibal Caro e Fulvio Orsini, raffinatissimi intellettuali ed eruditi dell’epoca. Le decorazioni ripropongono temi celebrativi, che associano alla glorificazione della famiglia Farnese il repertorio ornamentale di grottesche, paesaggi e scene storiche. A rendere immortale l’impresa vennero chiamati gli artisti più richiesti in quel periodo: Taddeo Zuccari (1529-1566), affiancato dal giovane fratello Federico (1540-1602), coordinò la realizzazione degli affreschi, eseguiti poi da una schiera di pittori provenienti da luoghi e nazioni diverse, come il Bertoja (1544-1574), Raffaellino da Reggio(1550-1578), Paul Brill (1554-1626), il Tempesta (1555-1630), B. Sprangher (1546-1611) e lo stesso Vignola, il quale si dilettò anche nell’esercizio della pittura. Malgrado la formazione e lo stile diverso che contraddistingueva ogni artista, gli affreschi nelle sale si contraddistinguono per un linguaggio omogeneo ed elegante che lo Zuccari riuscì ad imprimere sulle singole personalità, facendo così scaturire uno degli esempi più alti della pittura tardomanierista centroitaliana, oggi ancor più sfavillante grazie alla recente campagna di restauri che pochissimi anni fa ha ridonato ai colori il loro antico splendore.