Fondata tra il X e l’XI secolo con il titolo di San Biagio e annessa a un ospedale e a un monastero benedettino, la chiesa ospitò nel 1219 san Francesco d’Assisi, al quale venne dedicata pochi anni dopo, quando passò ai francescani (1229). Deve il suo nome alla vicinanza con il Porto di Ripa Grande, i cui resti sono oggi visibili dal Ponte Sublicio e da Lungotevere Testaccio. L’aspetto attuale si deve alla ricostruzione di inizio ‘600 di Onorio Longhi, a cui venne aggiunta la facciata di Mattia de’ Rossi a fine secolo.