Il dipinto fu commissionato a Giulio Romano da Gian Matteo Giberti, che entrato al servizio di Giulio de Medici (1513) fu gratificato con diversi benefici, tra i quali l'Abbazia di Santo Stefano in Genova. La tela fece scuola in città per più di un secolo, sia per la classica bipartizione cielo- terra, sia per la scansione dei piani in profondità che arriva a formare un cerchio nel quale è raffigurato il martirio del santo. Il Vasari scrisse di questo dipinto “non fece mai Giulio più bella opera di questa, per le fiere attitudini dei lapidatori e per la bene espressa pazienza di Stefano il quale pare che veramente veggia sedere Gesù alla destra del Padre in un cielo dipinto divinamente".