Fin dall'inizio del Quattrocento viene creato, in prossimità del Duomo, un laboratorio per preparare le vetrate per l'edificio in costruzione. Quelle risalenti al XV secolo ancora presenti raffigurano San Giovanni Evangelista, opera di Cristoforo de’ Mottis (1478), Sant'Eligio e  San Giovanni Damasceno, di Niccolò da Varallo (entrambe databili dopo il 1479). Le prime due vetrate, oggi visibili sulla navata destra, erano posizionate in origine nei transetti. Di mano di Antonio da Pandino sono gli antelli della vetrata del Nuovo Testamento con la Vita di Gesù, oggi trasportati nella quinta finestra della navata destra.