Nel 1949 il Consiglio di Presidenza della Fondazione Querini Stampalia decide di dare inizio al restauro di alcune parti del Palazzo. Manlio Dazzi, direttore della Fondazione, affida a Carlo Scarpa il compito di risistemare una parte del piano terra ed il giardino sul retro del palazzo che si trovano in uno stato di estremo abbandono e degrado.

L'intervento di restauro di Scarpa si basa su un misurato accostamento di elementi nuovi e antichi e su una grande maestria nell'uso dei materiali. L'acqua è protagonista: dal canale su cui si affaccia il palazzo, entra nell'edificio attraverso paratie che corrono lungo i muri interni; si trova in giardino in un'ampia vasca a più livelli in rame, cemento e mosaico e in un piccolo canale ai cui estremi si trovano due labirinti scolpiti in alabastro e pietra d'Istria.