La villa di Roma fu voluta dal Cardinale Scipione Borghese, nipote di Paolo V, nel 1613 per ospitare e deliziare gli amici con la splendida raccolta di preziose opere d'arte. Per costruire la villa, il Cardinale Borghese, si avvalse dell'operato di Flaminio Ponzio e del suo allievo Vasanzio. La villa, è concepita già in origine nel Seicento, come un museo ante litteram. Immersa in piena natura, nasce per rispondere alle esigenze di rappresentanza pubblica e privata della famiglia ed evidenzia la passione per il collezionismo del Cardinale. La pianta è a U con le due ali laterali avanzate, il loggiato centrale sormontato da un terrazzo, il prospetto ornato da sculture antiche. Adiacenti alla palazzina erano i due giardini segreti, disposti come ali, mentre il parco si articolava in tre recinti, delimitati da muri poi abbattuti.. Il carattere della collezione si identifica con la personalità del suo proprietario, poco incline agli affari di stato e rivolto ad assecondare il suo personale piacere e, soprattutto, la sua passione per l'arte. Il nucleo originario della raccolta è caratterizzato dall'interesse per l'antico e per il classicismo in tutte le sue forme, non appaiono infatti opere di periodo medievale e, insieme, dall'apertura verso le più innovative correnti artistiche contemporanee. Sono presenti in galleria, grazie alle scelte del cardinale, le correnti più significative e gli artisti italiani e stranieri più geniali del Cinque e Seicento, come Tiziano, Caravaggio, Bernini e Rubens. Alla fine del Seicento la collezione raggiunge il massimo dello splendore grazie all'ingresso di numerose opere dell'eredità di Olimpia Aldobrandini . Alla fine del secolo XVIII, Marcantonio IV Borghese avvia una radicale ristrutturazione della villa, rinnova la decorazione interna e lo schema del giardino rifacendosi alle regole del neoclassicismo. L'incarico viene affidato all'architetto Antonio Asprucci che chiama a collaborare, nel rinnovamento delle varie sale, un'équipe rinomata di artisti, italiani e stranieri, pittori. L'intervento decorativo riguarda tutto l'interno: le pareti si rivestono di marmi policromi a stucco romano, all'esterno l'intervento di Antonio Asprucci risulta estremamente invasivo: la facciata viene spogliata dei suoi rilievi e la scala secentesca è eliminata. La perdita più grave è costituita dalla vendita, nel 1807, da parte di Camillo Borghese, marito di Paolina Bonaparte, a Napoleone, di gran parte della collezione archeologica, conservata oggi al Louvre. Camillo Borghese, in seguito, nell’intento di compensare la perdita commissiona ad Antonio Canova il ritratto di Paolina come Venere vincitrice ed acquista nel 1827 della Danae di Correggio .Fortunatamente un fidecommesso emesso nel 1833 impedirà ulteriori dispersioni alle opere che verranno acquistate, con la palazzina e l'intero giardino, dallo Stato Italiano nel 1902.