Si formò con i senesi Sodoma e Peruzzi e con quest’ultimo lavorò negli affreschi in Palazzo Massimo alle Colonne. Passò poi nella bottega di Perin del Vaga e successivamente lavorò nell’orbita di Michelangelo, di cui divenne amico e al cui nome è ancora oggi legata la sua notorietà.
In base ai disegni del grande Buonarroti, realizzò il suo massimo capolavoro: la Deposizione per la Cappella Orsini in Trinità dei Monti (1545 ca.), giustamente considerata uno dei più importanti esempi della pittura manierista a Roma, che tanto risente del maestro toscano Rosso Fiorentino. Ma la connessione più rilevante con Michelangelo, fu l’ingrato compito di ricoprire le nudità del Giudizio Universale della Cappella Sistina tra il 1564 e il 1565. Daniele, grazie a questa committenza ricevuta dal rigoroso pontefice Paolo IV Carafa, in seguito alle decisioni del Concilio di Trento, si guadagnò il soprannome di “Braghettone”. Realizzò anche il famoso busto di Michelangelo ricavandolo dalla sua maschera funebre.