Apprende alla bottega di Aurelio Busso le tecniche di pittura e l'architettura, e nella sua carriera combinerà quasi sempre questa duplice professionalità. Dopo un viaggio di studio e aggiornamento a Roma, nel 1540 si trasfersce a Genova dove stringe un sodalizio che durerà tutta la vita col pittore Luca Cambiaso. Insieme collaborano a diverse commissioni in cui Giovan Battista svolge il ruolo progettuale e condivide con Cambiaso quello decorativo (Chiesa di San Matteo, Palazzo Imperiale). A Genova esegue numerose opere, tra cui palazzo Carrega-Cataldi per Tobia Pallavicino nell'odierna Via Garibaldi. Del 1563 è palazzo Podestà, dell'anno successivo palazzo Doria e la Villa Grimaldi a Sampierdarena. Negli stessi anni decora la chiesa dell' Annunziata di Portoria. Nel 1567 è chiamato in Spagna da Filippo II per lavorare all’Escorial, il suo successo è tale che diviene rchitetto del Palazzo Reale. Alla morte gli succede il figlio e qualche anno più tardi l’amico Luca Cambiaso.