La cosiddetta “Cripta degli scavi” è il risultato delle indagini archeologiche effettuate subito prima e subito dopo la grande guerra intorno al campanile. La sistemazione attuale, coperta, fu realizzata nel 1920 e rifatta nel 1999. 
L’area archeologica è dominata soprattutto dai resti del complesso basilicale teodoriano (dopo il 313 d.C.): l’aula nord, in parte invasa dalla gradinata del campanile, la stanza intermedia pavimentata in cocciopesto, strutture e mosaici di altri ambienti, legati sia al culto sia alla residenza del vescovo.
Ad un livello superiore, si scorgono i resti della grande basilica postteodoriana, costruita intorno alla metà del IV secolo in sostituzione della chiesa di Teodoro e affiancata da un nuovo battistero. In pochi decenni, il complesso teodoriano si era dimostrato insufficiente a contenere i fedeli sempre più numerosi, rendendo necessaria la sua demolizione e la realizzazione di una basilica consona alle esigenze del Cristianesimo aquileiese.