La parte più antica, di età comunale, viene eretta dai padri Eremitani di San Marco e intitolata a Santa Maria di Garegnano. Accanto a questa viene costruito un convento per i padri agostiniani, i quali restaurano l'antica chiesa in stile tardo gotico e la intitolano a Santa Maria Incoronata, in onore del neo-incoronato duca di Milano di Francesco Sforza (1451). Nel 1460 Bianca Maria, signora di Cremona, fa costruire una chiesa a lato di quella del consorte e la congiunge ad essa. Nei secoli l'Incoronata divenne magazzino, lazzaretto, caserma, carcere, per poi tornare ad essere luogo di culto.