La chiesa attuale fu edificata nel 1301 sul luogo di una precedente chiesetta dove si venerava l’icona della Madonna detta la Bruna, un dipinto su tavola di scuola toscana del XIII secolo esposto nella cappella dietro l’abside. Nell'edificio è sepolto Corradino di Svevia, giustiziato nel 1268 nella vicina piazza del Mercato per il suo tentativo di difendere la dinastia degli Hohenstaufen: le ceneri sono conservate nel piedistallo del monumento postumo (1847) commissionato da Massimiliano re di Baviera e collocato lungo la navata. Nel chiostro della chiesa, inoltre, il 16 luglio 1647 fu colpito a morte Masaniello.

DA SAPERE: Ogni anno, il 16 luglio, in occasione della festa della Madonna del Carmine il campanile della chiesa, che con i suoi 75 metri è il più alto della città, è illusionisticamente incendiato da un gioco di fuochi d’artificio. Il fuoco si spenge solo all’arrivo dell'immagine della Madonna del Carmine. In origine al posto del campanile c’era un finto castello costruito dai pescivendoli di Marina che rievocavano la vittoria dei cristiani contro i turchi nella battaglia della Goletta. Dopo la rivolta di Masaniello, avvenuta proprio durante la festa, il governo decise di eliminare l’assalto al castello, temendo altre insurrezioni popolari.

Miracolo del crocifisso, il crocifisso ligneo, esposto scenograficamente sotto l’arco trionfale, è protetto in una teca chiusa, poiché secondo la tradizione il Cristo avrebbe chinato il capo schivando il colpo di bombarda durante l’assedio di Alfonso d’Aragona del 1439. La pietra è ancora conservata nel piccolo museo della chiesa.