Fu edificato in soli quattro mesi sul finire del 1677, concepito per essere il più importante di Venezia perché destinato alle rappresentazioni liriche. Ed infatti il teatro di S. Giovanni Grisostomo, come fu chiamato in origine, era apprezzato dai contemporanei per essere "il più grande, il più bello e il più ricco della città" come scrive J.C. de Cramailles nel 1683. Prese il nome attuale dalla grande cantante Maria Malibran, nel 1835. Fu radicalmente ristrutturato nel 1919 e riaperto nel 2001.