La villa venne progettata nel 1546 da Andrea Palladio per Bonifacio Pojana, membro della famiglia che fu signora del luogo (il nome dell'odierno comune è Pojana Maggiore), e per la quale l'architetto realizzerà anche un palazzo in città, commissionato da Vincenzo, tra il 1561 e il 1566.
I lavori della villa proseguirono fino al 1563 e il risultato finale rispecchia gli interessi di Bonifacio, cavaliere d'arme, che volle un edificio che sapesse coniugare l'architettura militare a quella di campagna.
La facciata infatti si presenta come un blocco compatto, aperto da una serliana centrale (arco) coronata da cinque tondi. Sopra il tetto a capanna e davanti alla scalinata all'ingresso sono cinque statue, in parte aggiunte nel 1658 e forse opera di Girolamo Albanese.
L'interno è decorato con scene pompeiane, motivi bellici, allegorie, realizzate dai pittori Bernardino India, Anselmo Canera e Battista Zelotti e dallo scultore Bartolomeo Ridolfi.