Durante il Giubileo del 2000, Roma è stata la meta prediletta per numerosi pellegrini che non solo volevano partecipare a questo evento da fedeli, ma che desideravano anche visitare la città e naturalmente i musei del Vaticano.
I Musei Vaticani, come oggi li visitiamo, sono frutto di un lungo processo di costruzione e di trasformazione avvenuto nel tempo e sotto diversi papi.
Il primo nucleo della raccolta d’arte ha avuto inizio sotto Papa Giulio II, come collezione privata di statue antiche, che Clemente XIV nella seconda metà del Settecento ha trasferito nel Cortile delle Statue, oggi Cortile Ottagono.
Il successore di Clemente XIV, Papa Pio VI, ingrandendo il Palazzetto del Belvedere e trasformandolo nel Museo Pio Clementino, ha creato il primo spazio vero e proprio destinato ad ospitare i Musei.
Nella prima metà dell’Ottocento, Papa Pio VII ha notevolmente ampliato i Musei, modificando una delle gallerie realizzate dal Bramante, che collegavano il Palazzetto del Belvedere al Palazzo Vaticano, e facendo costruire il Museo Chiaramonti, alla cui decorazione partecipò anche il Canova. Lo stesso pontefice, nel 1817, commissionò all’architetto Raffaele Stern la costruzione del Braccio Nuovo dei Musei, ovvero una galleria parallela all’ala della Biblioteca Apostolica Vaticana.
Nel 1837 Papa Gregorio XVI ha fondato il Museo Etrusco, con i cimeli rinvenuti negli scavi dell'Etruria meridionale dal 1828 in poi, e due anni più tardi il Museo Egizio. Sempre Gregorio XVI ha sistemato nel Museo Profano Lateranense le statue, i bassorilievi e i mosaici di età romana che non potevano aver posto nei Palazzi Vaticani (1844).
Papa Pio IX, nel 1854, ha aggiunto alle strutture esistenti dei Musei Vaticani il Museo Cristiano e più tardi (1856-1869) due sale di reperti archeologici tratti dagli scavi di Ostia.
Alla fine dell’Ottocento, Papa Leone XIII ha destinato al pubblico dei Musei diverse sale precedentemente riservate al Papa e ai Cardinali.
Dal 1929, anno degli Accordi Lateranensi, i Musei e le Gallerie Pontificie sono divenute dipendenti dal Governatorato dello Stato della Città del Vaticano.
Le opere di ampliamento o di ricostruzione dei Musei sono proseguite nel corso del Novecento. Papa Pio XI ha ingrandito le stanze destinate alla Pinacoteca Vaticana e nel 1932 ha realizzato l’entrata monumentale dei Musei Vaticani che, progettata dall’architetto vercellese Giuseppe Momo, consisteva in una scala elicoidale a doppia rampa parallela, una per la salita ed una per la discesa.
Giovanni XXIII e Paolo VI, tra gli anni Sessanta e Settanta del Novecento, hanno creato le nuove strutture che adesso ospitano le collezioni del Palazzo Lateranense.
Il 7 febbraio del 2000, a distanza di settant’anni dagli ultimi interventi di ristrutturazione, Papa Giovanni Paolo II ha inaugurato i Nuovi Ingressi dei Musei Vaticani, aperti nel bastione delle mura alla sinistra del precedente accesso da Viale Vaticano. L’intervento ha comportato anche il prolungamento dell’orario d’apertura dei Musei e la gestione dei flussi di pubblico. Inoltre, si è pensato ad un ampliamento delle strutture d’accoglienza: all’entrata, dopo il controllo di sicurezza, sono stati predisposti gli sportelli per le informazioni, le biglietterie, i desks per le audio-guide, dei bookshops, il guardaroba, un cambia valute, un ufficio postale e il ristorante-bar.