Nel 1651 Athanasius Kircher apre la sua grande collezione al pubblico: è la nascita della wunderkammer raccolta per anni da un personaggio figlio del suo tempo, ma già proiettato verso le scoperte future. Il museo si fonda sulla donazione di Alfonso Donnini, patrizio e conservatore del popolo romano, proveniente dal palazzo dei Conservatori al Campidoglio e che riuniva, per lo più, oggetti antichi. A questi si vanno ad aggiungere i pezzi raccolti da Kircher in maniera del tutto originale: egli infatti riesce ad avere contatti con le terre più lontane senza mai spostarsi dal Collegio Romano. Crea così una fitta rete di collaboratori tra i suoi confratelli in America ed in Cina, in modo da ottenere da loro importanti elementi per la sua collezione, ricambiandoli con medicine o altre sostanze di cui necessitavano i gesuiti missionari. Grazie a questo sistema il suo museo si arricchì di pezzi provenienti da villaggi degli Indiani d’America, di animali sconosciuti nel vecchio continente come l’armadillo, di cartine cinesi pieni di quegli ideogrammi che affascineranno il gesuita tedesco, ecc. Tali oggetti sono descritti nei due grandi cataloghi redatti durante l’esistenza del Museo del Collegio Romano: il primo pubblicato dal De Sepi nel 1678, ed un secondo più completo redatto dal successore di Kircher, Filippo Bonanni, nel 1709. Oggi tutti questi oggetti sono ben visibili nella mostra allestita a Palazzo Venezia, dando il senso di una collezione senza confini, vera antesignana di tutti i musei naturalistici ed etnografici moderni. C’è infine da sottolineare l’interesse per la pittura, minore per Kircher, ma per noi importante quanto gli altri: in quella che oggi è nota come Sala della Crociera (oggi biblioteca) era allestita una galleria di dipinti, ricostruita nella parte finale dell’esposizione ospitata dal complesso marciano. Veniamo così a conoscenza del fatto che negli ambienti del Collegio romano erano presenti quadri stupendi come la “Madonna con Bambino e Santi” di Lotto, “il Cristo e la Samaritana” di Lavinia Fontana, o il “San Nicola da Tolentino” attribuito al Perugino. La galleria verrà arricchita dopo la morte di Kircher dai suoi successori. Nel 1773 la Compagnia del Gesù viene soppressa da Clemente XIV. A questo avvenimento si deve la prima divisione dei pezzi kircheriani: gli oggetti d’arte confluiscono nei Musei Vaticani, mentre le raccolte scientifiche, etnografiche ed archeologiche restano al Collegio Romano. Il colpo definitivo al Museo sarà dato dall’entrata dei bersaglieri a Roma nel 1870: tutti i reperti saranno dispersi tra musei italiani e gabinetti universitari.