Morto Paolo II Barbo, artefice del cantiere di S. Marco, le vicende del palazzo si legano ai nomi di altri cardinali veneziani e ad altri pontefici che per lo più ne modificano l’interno. Se con Pietro e suo nipote Marco era stato costruito il grande appartamento Barbo, collocato nell’ala Est del palazzo (è quello delle grandi sale monumentali del Pappagallo, dei Paramenti, del Mappamondo, Regia e del Concistoro), con Lorenzo Cybo, nipote di papa Innocenzo VIII, viene allestito nell’ala Nord (sulla via Papale, oggi via del Plebiscito) l’appartamento che prende il nome di quest’altra celebre famiglia veneziana. Nel XVI secolo il palazzo viene occupato negli anni Trenta da Paolo III, cui si devono vari interventi tra cui la chiusura di ventuno arcate del viridario e la costruzione del viadotto dal palazzetto alla fortezza dell’Ara Coeli. Proprio durante il pontificato di Alessandro Farnese la zona sarà una delle tappe della grande entrata trionfale di Carlo V (1536), che qui si incontrerà con il papa con cui deciderà la convocazione del Concilio di Trento. Nel 1564 Pio IV Medici dà una svolta alla storia del palazzo donandolo alla Repubblica di Venezia come sede per gli ambasciatori lagunari a Roma. Da questa data il palazzo prenderà il nome di Palazzo di Venezia e si dividerà in due parti con funzioni distinte: l’appartamento Barbo come residenza degli ambasciatori e l’appartamento Cybo come residenza dei cardinali titolari della Basilica di S. Marco. I papi, dalla fine del ‘500, non utilizzeranno più il palazzo che, per questa destinazione, verrà sostituito dal Palazzo del Quirinale voluto da Gregorio XIII. Questo stato di cose si mantiene fino al trattato di Campoformio del 1797 con cui, di fatto, la Repubblica di Venezia cessa di esistere passando all’Austria cui va di conseguenza anche il palazzo romano. Per qualche anno parte dell’edificio è messa in pericolo dal governo napoleonico: in questo periodo Antonio Canova intercederà presso il prefetto dei musei imperiali francesi Vivant Denon salvando il palazzetto-viridario a rischio di abbattimento per far posto ad un mercato. Per tutto il XIX secolo il Palazzo di Venezia sarà proprietà austriaca, solo nel 1916 verrà rivendicato dal Governo italiano che lo destina a sede museale. A questo obbiettivo lavora alacremente in prima persona lo storico dell’arte Federico Hermanin (1868-1953). Questi, barese nato da genitori tedeschi, è tra i più grandi studiosi del Medioevo romano (a lui si deve la scoperta degli affreschi cavalliniani in Santa Cecilia) e appartiene (M.G. Barberini). Nel 1929 Benito Mussolini, decide per il palazzo il ruolo di sede del Governo, nonché di appartamento privato da utilizzare anche per i grandi ricevimenti dello Stato. Finito il Ventennio il palazzo vedrà aprire finalmente il museo (1947) tuttora allestito nei locali dell’edificio quattrocentesco.